Ngay sau trận chiến của Avengers tại New York (trong Biệt đội siêu anh hùng), Tony Stark và chính phủ liên bang đã thành lập Ủy ban kiểm soát thiệt hại U.S. Department of Damage Control (D.O.D.C.) và tiếp quản công việc thu dọn tàn tích của Adrian Toomes. Tức giận vì bị đuổi việc, Adrian Toomes, chủ nhân cũ của công ty cứu hộ, đã thuyết phục các đồng nghiệp giữ lại các kỹ thuật của Chitauri (quái vật không gian mà Loki đã phái xuống) mà họ đã tháo dỡ và sử dụng nó để chế tạo vũ khí riêng.

Vào thời điểm hiện tại, sau khi tham gia vào tranh chấp nội bộ của nhóm Avengers trong Captain America: Nội chiến siêu anh hùng, Peter Parker tiếp tục việc học của mình sau khi Stark nói với cậu rằng cậu chưa sẵn sàng để trở thành một thành viên của Avengers. Với sự phản đối của dì May, Peter đã rời khỏi đội Academic Decathlon (đội tuyển 10 môn phối hợp ) của trường Công nghệ Midtown để cậu có thể tập trung vào "Trại thực tập Stark", vốn là bình phong cho các hoạt động chống tội phạm của cậu trong vai Spider-Man.

Một đêm, sau khi ngăn cản đồng bọn của Toomes cướp máy ATM, Peter trở lại căn hộ của mình và vô tình để cho người bạn thân nhất của mình là Ned phát hiện ra bí mật Spider-Man của mình. Vào một đêm khác, Peter đang dự tiệc sinh nhật của Liz thì thấy đồng bọn của Toomes, Herman Schultz và Jackson Brice đang bán vũ khí Chitauri cho gangster địa phương, Aaron Davis. Khi cậu cố gắng can thiệp, Peter suýt bị Toomes lấy mạng và được Stark giải cứu. Sau đó, Toomes giết Brice để tránh gây nguy hiểm cho hoạt động của hắn.

Peter tìm được một vũ khí Chitauri bị Brice bỏ lại, cậu cùng với Ned tháo lõi năng lượng của nó. Một thiết bị theo dõi đã dẫn Schultz đến trường Midtown, nhưng Peter và Ned đã trốn thoát được khỏi hắn ta. Sau khi gắn thiết bị theo dõi lên người Schultz và biết rằng nó dẫn đến Maryland, Peter tham gia nhóm Decathlon và đi cùng họ tới Washington, D.C. để tiếp cận Schultz.

Cùng với Ned, Peter đã vô hiệu hóa bộ theo dõi được cấy vào bộ trang phục Người Nhện và mở khoá tất cả các tính năng bí mật của nó. Peter nhờ Ned giữ an toàn cho lõi năng lượng. Sau đó cậu đã cố gắng ngăn chặn Toomes ăn cắp vũ khí từ một xe tải của D.O.D.C., nhưng cuối cùng bị áp đảo và bị mắc kẹt bên trong xe tải. Khi phát hiện ra lõi năng lượng Chitauri không ổn định, Peter vội vàng quay lại Đài tưởng niệm Washington, cứu Ned bị kẹt trong thang máy bị rơi do lõi năng lượng phát nổ. Bất chấp chính quyền địa phương ngăn cản, Peter đã cứu Ned và bạn học cùng lớp Liz trước khi thang máy rơi xuống.

Trở về Thành phố New York, Peter thuyết phục Davis tiết lộ nơi ở của Toomes. Đối mặt với Toomes và đồng bọn của hắn tại phà Staten Island, Peter bắt giữ người mua mới của Toomes, Mac, trong khi Toomes trốn thoát sau khi một vũ khí bị hỏng và phát nổ khiến chiếc phà bị xẻ đôi. Stark giúp Peter cứu các hành khách và nhắc nhở cậu về sự thiếu thận trọng của mình khi đưa ra quyết định và lấy lại bộ đồ. Trong khi mời Liz tham gia dạ tiệc Homecoming hàng năm của Midtown, Peter phát hiện ra cô ấy là con gái của Toomes. Phát hiện ra danh tính thật của Peter, Toomes đe doạ sẽ trả đũa nếu cậu còn tiếp tục can thiệp vào kế hoạch của hắn.

Trong lúc khiêu vũ, Peter phát hiện rằng Toomes đang có kế hoạch tấn công một máy bay vận chuyển vũ khí của D.O.D.C. từ tháp Avengers đến trụ sở mới của đội. Cậu ta đã dùng bộ đồ Người Nhện tự chế và cố gắng rời trường học ở Midtown và bị phục kích bởi Schultz. Sau khi Ned can thiệp vào phút cuối giải cứu, Peter đến hang ổ của Toomes và đối mặt với hắn ta, hắn ta cố gắng thuyết phục Peter tham gia cùng hắn. Khi bị Peter từ chối, Toomes phá hủy các dầm đỡ tòa nhà để cố giết Peter.

Không để Toomes trốn thoát, Peter chặn máy bay trước khi hắn lái nó về phía bãi biển gần đảo Coney. Cả hai tham gia vào một cuộc chiến và kết thúc với việc Peter cứu mạng Toomes và giao lại cho cảnh sát New York.

Một thời gian sau đó, Peter phát hiện ra Liz sẽ chuyển đi và bạn cùng lớp Michelle Jones - biệt danh của cô là "MJ" - sẽ thay thế cô làm chủ tịch của đội Decathlon. Stark nhờ Pepper Potts mở một cuộc họp báo ra mắt Người Nhện, và mời cậu tham gia vào Biệt Đội Báo Thù nhưng Peter đã từ chối lời mời của Stark. Trở về căn hộ của mình, Peter phát hiện ra rằng Stark đã trả lại bộ đồ Người Nhện cho mình và dựng một mô hình robot dì May đang bước vào phòng ngủ của mình.

Trong một cảnh mid-credit, một Gargan bị giam giữ tiếp cận Toomes ở Raft, sau đó giải thích rằng một số tội phạm đang xâu chuỗi với nhau và hỏi anh ta xem anh ta có biết danh tính của Người Nhện không. Toomes đã trả lời là "Nếu ta biết hắn thì hắn đã chết từ lâu rồi" rồi đi ra 1 chỗ để gặp lại gia đình mình. Trong một cảnh after-credit, Đội trưởng Mỹ đã đưa ra một lời khuyên về tầm quan trọng của sự kiên nhẫn, đức tính mà 1 người lính hay 1 học sinh nên có.